魯王監國在鎮江大破滿清江防水師的消息，很快傳到了南京，而此時d庭水師又大掠瓜洲渡，八月間被魯王毀壞過的一次瓜州炮台，還沒修復完成又被滿大壯再次破壞。
隆武三年九月下旬，魯王與滿大壯會師於南京城東的儀征縣，舟船過千，大軍三萬，江南大震。
兩軍隨按原定計劃，趁着滿清江南水師大敗，清軍無力與明軍江上爭雄的時機，沿江掃蕩清軍炮台，將滿清江防徹底摧毀，使得明軍戰船可以隨時進出長江。
明軍隨取揚中、靖江等江心沙洲為臨時水寨，戰船四處，一面將滿清漕運切斷，一面四處襲擊清軍薄弱之處，摧毀沿江所有炮台。
一時間，千里長江處處烽火。
明軍戰船機動，忽東忽西，各地清軍都提心弔膽，滿清將大明的南直隸改成了江南省，沿江近千里，十府三十餘縣，西起池州府，東至松江府都在明軍的攻擊範圍內。
清軍在江南雖然還有十三萬人，但卻不可能分兵把手這麼多地方，那些小縣也就不到千人把守，而明軍水師三萬眾，合而擊之，除了南京、揚州、鎮江這樣重兵駐守的大城不能打，其他小城還不指哪破哪。
江寧城內，洪承疇寢食難安，江南各州縣的清官、綠營兵也睡不着覺，他們擔心不知道什麼時候，明軍就忽然殺到城下，要了他們的腦袋。
洪承疇對此也沒有對策，他之前數十年的經歷，無論是對抗流賊還是滿清，都是在北方，對於這種舟船作戰，機動襲擾，是一頭霧水，只能寫信給多鐸，「自八月海寇一入長江以來，江南人心浮動，今海寇二入長江，破我舟師，又招湖廣逆賊來助，長江已非我大清所有。唯今之計，唯有假意議和，使賊寇退出長江，然後重整江防，望王爺務必儘早促成此事，否則朝天經略江南三載之功，盡覆東流，江南千里道服網巾，不為聖朝所有。」
千里長江，每一處都能成為明軍的攻擊點，洪承疇為了應對，在催促多鐸的同時，只能派八旗騎兵沿江監視。
這時八旗兵多少還保持着陸上的雄風，鐵蹄滾滾，在長江兩岸馳騁，不過明軍坐船，省時省力，八旗大爺每日跟着船跑，時間一久，p股都磨出泡，卻有些吃不消了。
明軍戰船沿江襲擾，快船四處出擊，八旗騎兵疲於奔命，明軍乘船從岸邊駛過，向岸上監視的清軍騎兵s箭放銃，不時進行挑釁，八旗暴跳如雷，卻無可奈何，騎兵是陸上的霸王，下了水就是旱鴨子。
八旗騎兵只能拔馬離開，但也不走遠，像一塊臭皮膏藥一樣緊貼着明軍水師，在遠處監視，他們不下水，也不讓明軍上岸。
值得洪承疇慶幸的是，明軍水師除了摧毀江防炮台之外，並不攻打城池，這也讓他更加確定了明軍必然有所圖謀，不過明軍封鎖長江這是陽謀，光明正大，就是看準了滿清水師不行的弱點，洪承疇知道也沒有辦法。
斗轉星移，時光流逝，明軍對地方上的威脅，洪承疇還沒解決，另一個問題又擺上了台面。
北方經濟破壞，民生凋敝，山東鬧起了榆園賊，京師十多萬不事生產的旗人要養，明軍船隻堵在江面上，北上的船被堵在了鎮江，南下的船被堵在了揚州，漕運已經完全斷掉，滿清朝廷已經下詔對他進行訓斥，責令他儘快恢復漕運，就更讓他這匹老馬愁白了頭。
十月朔，寒衣節，轉眼到了立冬，江寧城也如入冬了一般，變得冷清蕭條起來。
這時從城門進來一人，形象有些狼狽，正是一個多月前在銅陵被滿大壯抓獲的清永昌的大掌柜閻從念，他這次是被明軍放回南京來。
明軍進入長江，漕運被堵了大半個月，揚州、鎮江的運河內，擠滿了南來北往的商船，其中大半的是晉商的船。
明軍在長江上活動，糧食是關鍵，江南一部分士紳暗中為明軍提供了一批糧食，但明軍三萬人，消耗實在巨大，江南復明士紳這幾年也比較慘，並不富裕，地主家也沒多少餘糧，支持的糧草有限。
明軍從湖廣運糧也不方便，糧船不是
